Juan Ponce de León se narodil do šlechtické rodiny v malé vesnici Santervás de Campos ve Španělsku. Stejně jako mnoho mladých mužů jeho postavení hledal i on bohatství a slávu za hranicemi. Příležitost se mu naskytla v roce 1493, kdy se připojil k druhé výpravě Kryštofa Kolumba. Nebyla to malá flotila. Sestávala ze 17 lodí a asi 1200 mužů, jejichž úkolem bylo založit trvalou kolonii v nově objevených zemích.

Tato výprava přivedla Ponce de Leóna na ostrov Hispaniola, centrum španělských operací v Karibiku. Zpočátku byl jen jedním z mnoha osadníků, kteří se snažili prosadit v drsném a neznámém prostředí. Jeho postavení se změnilo s příchodem nového guvernéra Nicoláse de Ovanda v roce 1502. Ovando měl za úkol nastolit na ostrově pořádek a zajistit španělskou nadvládu, a k tomu potřeboval schopné a loajální muže. Ponce de León se brzy ukázal být jedním z nich.

Klíčový okamžik pro Ponce de Leónovu kariéru nastal v roce 1504. Domorodí obyvatelé Taínové z východní provincie Higüey se vzbouřili proti španělské nadvládě, která byla často brutální. Ovando pověřil Ponce de Leóna, aby vedl síly k potlačení povstání. V tomto konfliktu prokázal své vojenské schopnosti a nemilosrdnost. Po rozdrcení vzpoury Ovando odměnil jeho služby.

Ponce de León byl jmenován guvernérem provincie Higüey. Toto jmenování mu zajistilo nejen politickou moc, ale i značné ekonomické výhody. Získal půdu a také grant v rámci systému encomienda, což mu umožnilo využívat práci stovek místních Taínů.

Tento systém byl základem koloniální ekonomiky. Pro dobyvatele jako Ponce de León to byl prostředek k rychlému zbohatnutí. Pro Taíny to znamenalo ztrátu svobody a podrobení se těžké práci na polích a v dolech. Zkušenosti, politický vliv a bohatství, které Ponce de León získal na Hispaniole, položily pevné základy pro jeho budoucí ambice, včetně výprav, které ho měly proslavit po celém světě.